Zeit der Beyliks
Mit dem Niedergang des Byzantinischen Reiches im 14. Jahrhundert geriet Bergama unter die Herrschaft verschiedener türkischer Fürstentümer, den sogenannten Beyliks. Besonders die Aydınoğulları und Saruhanoğulları, die in Westanatolien aktiv waren, übten zeitweise Kontrolle über die Region aus. In dieser Phase hielt die islamische Architektur Einzug, und es wurden erste religiöse Bauwerke errichtet.
Die Beyliks-Zeit war eine Übergangsphase, in der sich Bergama kulturell und städtebaulich veränderte. Handel und Gesellschaft entwickelten sich neu, und der Einfluss der aufkommenden türkisch-islamischen Kultur wurde im Stadtbild sichtbar. Mit dem Aufstieg des Osmanischen Reiches endete diese Periode, und Bergama trat in eine neue verwaltungspolitische Ära ein.